Сюжет рассказывает о специальном агенте Гейбе Логане, который получает опасное задание устранить международного террориста Эрика Румера. Но вскоре Логан понимает, что Румер разработал смертельно опасный вирус "Syphon Filter". Теперь обычная карательная операция превратилась в миссию спасения мира.